Valsts kontrole konstatējusi virkni nepilnību, pārbaudot aizsargājamo dabas teritoriju tīkla Natura 2000 pārvaldības, uzturēšanas un piešķirtā finansējuma izlietošanas atbilstību Eiropas Savienības un Latvijas Republikas normatīvo aktu prasībām.
Revīzijas ietvaros Valsts kontrole (VK) secinājusi, ka pastāv risks, ka normatīvajos aktos noteiktie Vides ministrijas uzdevumi netiek veikti plānveidīgi un sistemātiski.
Vērtējot Natura 2000 teritoriju attīstībai piešķirtā finansējuma izlietošanas efektivitāti, VK konstatējusi, ka piešķirtie finanšu līdzekļi īpaši aizsargājamo dabas teritoriju attīstībai ir tikuši izlietoti, projektu atlasi veicot formāli un nenodrošinot izmaksu ziņā ekonomiskāko projektu izvēli.
Projektu konkursu vadlīnijās un projektu sākotnējā atlasē netiek izmantoti tādi atlases kritēriji, kas nodrošinātu iespējama dubulta finansējuma piesaistes vienu un to pašu projektu uzdevumu īstenošanai novēršanu.
VK secinājusi, ka šāda pieeja projektu atlasei veicina ES un valsts budžeta līdzekļu neefektīvu izmantošanu.
VK arī konstatējusi gadījumus, kad projektiem paredzētais finansējums tiek novirzīts valsts iestāžu pamatdarbības nodrošināšanai un norāda, ka šāda prakse nav pieļaujama.
VK konstatējusi, ka vides saglabāšanas un attīstības projektu finansēšanu šobrīd nodrošina vairākas projektu administrēšanas iestādes, kas piemēro atšķirīgus projektu uzraudzības un finansēšanas mehānismus.
Revīzijas ietvaros Valsts kontrole (VK) atklājusi arī nepilnības saistībā ar Valsts budžeta līdzekļiem vienreizējo kompensāciju izmaksai meža zemju īpašniekiem par saimnieciskās darbības ierobežojumiem. Noskaidrots, ka kompensāciju izmaksā 2006.gadā nav tikusi ievērota Ministru kabineta noteikumos Nr. 219 noteiktā prasība, kas aizliedz izmaksāt kompensāciju vienā maksājumā, ja kompensācija pārsniedz 10 000 latu.
Vērtējot maksājamo kompensāciju aprēķina atbilstību, VK ir norādījusi uz meža zemju neobjektīvas izvērtēšanas un korupcijas risku, jo kompensāciju apmērs ir atkarīgs tikai no viena un kompensācijas saņēmējiem iespējami zināma eksperta slēdziena.
Revīzija par laiku no 2004.gada 1.janvāra līdz 2006.gada 31.decembrim tikusi veikta ar mērķi izvērtēt ES normatīvo aktu prasību iekļaušanas LR normatīvajos aktos atbilstību, Natura 2000 pārvaldības efektivitāti, kā arī Vides ministrijai un tās padotības iestādēm piešķirto finanšu līdzekļu izlietošanas Natura 2000 uzturēšanai likumību un izmaksu ekonomiju.
Revīzija tika veikta EUROSAI WGEA (Eiropas valstu augstāko revīzijas iestāžu Vides revīziju darba grupa) paralēlās revīzijas ietvaros.
Natura 2000 ir ES dabas daudzveidības saglabāšanai izveidoto aizsargājamo teritoriju tīkls, kura izveidošana ir svarīgākā Eiropas mēroga iniciatīva, lai saglabātu visas savvaļā dabiski pastāvošās dzīvnieku, augu sugas un to dzīves vidi.