Valsts kontrole, veicot revīziju par to, kā tiek veikta uzraudzība par Šengenas konvencijas finanšu programmas izpildi un to, kā finansējuma saņēmēji ievēro spēkā esošos normatīvos aktus, konstatējusi, ka Iekšlietu ministrija nebija izpildījusi ar pārējām programmas īstenošanā iesaistītajām institūcijām noslēgtos sadarbības līgumus, kā arī nebija veikusi finansējuma saņēmēju kontroli par programmas projektu ieviešanas procedūru rokasgrāmatas izstrādi un risku izvērtēšanas mehānismu izveidi.