Saskaņā ar Eiropas Komisijas regulām, gadījumos, kad pievienotās vērtības nodoklis (PVN) attiecīgajā valstī ir atgūstams, tas nevar tikt uzskatīts par projekta attiecināmo izmaksu un segts no ES struktūrfondu līdzekļiem. To, informējot Ministru kabinetu par Finanšu ministrijas (FM) apkopoto informāciju par PVN piemērošanu ES struktūrfondu finansētajiem projektiem, norādīja FM valsts sekretāra vietnieks ES finansējuma lietās Andžs Ūbelis. ES Sestā direktīva, kas nosaka PVN piemērošanu ES dalībvalstīs, neparedz īpašu PVN piemērošanas kārtību ES struktūrfondu finansētajiem projektiem, proti, nodoklis piemērojams vispārējā kārtībā. A. Ūbelis skaidro, ka tas varētu radīt problēmas atsevišķiem ES struktūrfondu finansējuma saņēmējiem, piemēram, pašvaldībām. Savukārt projektu realizācijas izmaksas tādēļ varētu pieaugt par aptuveni 10 %, viņš teica.