Nopietnākās Baltijas jūras vides problēmas ir atkritumi, kaitējums jūras dzīvnieku un augu valstīm, nopietnu naftas noplūžu iespējas, smagie metāli un citas bīstamas vielas, kā arī ūdens ziedēšana liecina BalticSurvey aptauja par Baltijas jūru.