2004. gada 1. jūlijā spēkā stājās Starptautiskais kuģu un ostu iekārtu (ostu terminālu) aizsardzības kodekss (ISPS Kodekss), saskaņā ar kuru ostu iekārtām un kuģiem, kas atbilst Kodeksā norādītajām prasībām, ir nepieciešams izstrādāt un Latvijas Jūras administrācijā apstiprināt ostas iekārtas un kuģa aizsardzības plānus un pēc aizsardzības plānu ieviešanas saņemt atbilstības apstiprinājumu vai starptautisko kuģu aizsardzības sertifikātu. Kā vienu no pirmajām lietām, Liepājas ostas pārvalde izveidoja Liepājas ostas aizsardzības konsultatīvo komiteju, kura savu darbu uzsāka 2003.gada novembrī un Liepājas ostas aizsardzības konsultatīvo padomi, kura savu darbu uzsāka 2004.gada janvārī. Gan komitejai, gan padomei ir viens un tas pats uzdevums: veicināt informācijas apmaiņu, ISPS Kodeksa ieviešanu un uzturēšanu Liepājas ostā. Latvijas Jūras administrācija atbilstoši ISPS Kodeksam uz šo brīdi Liepājas ostā ir noteikusi 15 ostas iekārtas, kam ir jāievieš ISPS Kodekss. Uz šo brīdi 14 ostas iekārtas atbilsts ISPS Kodeksa prasībām un Eiropas Parlamenta un Padomes Regulu (EK) Nr.725/2004 „Par kuģu un ostas iekārtu aizsardzības pastiprināšanu”. Viens ISPS Kodeksa subjekts veic kompleksos pasākumus, lai iegūtu Latvijas Jūras administrācijas apstiprinājumu par atbilstību ISPS Kodeksam. Liepājas SEZ pārvalde organizēja konkursu par Vienotā režīma teritorijas apsardzi. Kopš 2004.gada 1.jūnija Liepājas SEZ pārvalde Vienotā ostas režīma teritorijas fizisko apsardzi veic SIA „Falck L”, kas savu darbību veic atbilstoši Liepājas SEZ pārvaldes izstrādātiem darba pienākumiem un Vienotā ostas aizsardzības plānam. Tiek veikts darbs pie videonovērošanas sistēmas izveides Liepājas SEZ pārvaldes Vienotā ostas režīma teritorijā, kura tiks finansēta no komercsabiedrību līdzekļiem. Liepājas SEZ pārvalde ir noslēgusi līgumus ar šīm komercsabiedrībām par atmaksas kārtību un citiem nosacījumiem. Liepājas SEZ pārvalde veic organizatoriskos pasākumus šī projekta ieviešanai. Liepājas SEZ pārvalde ir subjekts, kas izsludinās konkursu. Projekta laikā uzstādīs 16 videonovērošanas kameras, kuras veiks novērošanu no 200 – 500 metriem, kā arī divi automātiskie dzelzceļa vārti. Videonovērošanas sistēmu izmantos Vienotā ostas režīma teritorijas ostas iekārtas, Robežsardze un Liepājas SEZ pārvalde. Liepājas SEZ pārvalde sadarbojas ar Latvijas ostu pārvaldēm un starptautiskiem partneriem. Starptautisko partneru starpā ir ostu pārvaldes un jūras administrācijas. Starptautiskā un vietējā sadarbība ir nepieciešama, lai veicinātu informācijas un ideju apmaiņu ostas aizsardzības sfērā. Starptautiskie partneri: Klaipēdas ostas pārvalde, Tallinas ostas pārvalde, Kopenhāgenas ostas pārvalde, Arhus ostas pārvalde, Karlshamns ostas pārvalde, Antverpenes ostas pārvalde, Lisabonas ostas pārvalde, Ukrainas jūras administrācija un Tunisijas jūras administrācija. Latvijas ostu partneri: Ventspils brīvostas pārvalde, Rīgas brīvostas pārvalde un Mērsraga ostas pārvalde. Liepājas SEZ pārvalde, partneru sadarbības kontekstā, veic ostu apmeklējumus, kas nodrošina ideju un pieredzes apmaiņu ostu aizsardzībā. Liepājas SEZ pārvalde strādā pie Liepājas ostas aizsardzības bukleta izstrādes. Buklets ir paredzēts divās valodās, kurš sniegs informāciju kuģu īpašniekiem, kuģu komandām, kravu īpašniekiem, ostu apmeklētājiem un citām iesaistītām pusēm par Liepājas ostas aizsardzību. Bukletā būs kontaktinformācija, caurlaižu punkti, aizsardzības ierobežojumi u.c. informācija, kura ir vitāli svarīga personām, kuras nav iesaistītas Liepājas ostas darbībās ikdienā. Liepājas SEZ pārvalde kopā ar Latvijas Jūras administrāciju, 2006.gada no 5. līdz 9.jūnijam, veica visas Liepājas ostas teritorijas novērtējumu, kas ir atbilstoši Eiropas Parlamenta un Padomes Direktīvu Nr. 2005/65/EK “Par ostu aizsardzības pastiprināšanu”. Novērtējums bija nepieciešams, lai Liepājas SEZ pārvalde varētu izstrādāt Liepājas ostas aizsardzības plānu un atbilstu Eiropas Parlamenta un Padomes prasībām līdz 2007.gada 1.maijam.